MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	AT	3	6	76	81	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012226	TAAA	2	8	97	104	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012226	T	6	6	130	135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012226	TCT	2	6	165	170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_012226	AGC	2	6	206	211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_012226	ATTA	2	8	215	222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012226	T	7	7	253	259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012226	T	6	6	261	266	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012226	TTC	2	6	302	307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012226	AT	3	6	359	364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012226	T	6	6	364	369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012226	ATTT	2	8	371	378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012226	T	7	7	421	427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012226	ATCA	2	8	434	441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012226	T	7	7	461	467	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012226	AATT	2	8	503	510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012226	ATA	2	6	527	532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012226	T	6	6	538	543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012226	TAA	2	6	562	567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012226	TA	3	6	610	615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012226	AT	4	8	695	702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012226	AAT	3	9	703	711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012226	ATTT	2	8	742	749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012226	TCT	2	6	756	761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_012226	ATTG	2	8	829	836	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012226	TCT	2	6	858	863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012226	TTC	2	6	899	904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012226	AT	3	6	921	926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012226	ATA	2	6	974	979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012226	AT	3	6	1057	1062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012226	TCT	2	6	1095	1100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012226	TAT	3	9	2991	2999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012226	AT	3	6	2998	3003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012226	ATA	2	6	3007	3012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012226	TTCT	2	8	5053	5060	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012226	TA	3	6	6921	6926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012226	TAT	2	6	6931	6936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012226	T	11	11	6941	6951	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012226	TA	3	6	6963	6968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012226	TAG	2	6	6976	6981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012226	TAATT	2	10	6995	7004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012226	TTA	2	6	7018	7023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012226	TA	3	6	7035	7040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012226	ATG	2	6	7052	7057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012226	ATT	2	6	7080	7085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012226	TAG	2	6	7092	7097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012226	TA	3	6	7101	7106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012226	ATT	2	6	7114	7119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012226	AAT	2	6	7129	7134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012226	ATT	2	6	7167	7172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012226	TAT	2	6	7181	7186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012226	TAT	2	6	7198	7203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012226	ATA	2	6	7231	7236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012226	A	6	6	10552	10557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012226	TAA	2	6	10560	10565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012226	TAT	2	6	10566	10571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012226	ACA	2	6	10580	10585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_012226	TTTA	2	8	10600	10607	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012226	TTTTC	2	10	10609	10618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012226	TAAA	2	8	10665	10672	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012226	GAA	2	6	10676	10681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012226	AATT	2	8	10711	10718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012226	TAA	2	6	10722	10727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012226	TAA	2	6	10741	10746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012226	AAT	2	6	10770	10775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012226	TAT	2	6	10776	10781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012226	TAT	2	6	10815	10820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012226	ATA	2	6	10844	10849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012226	T	6	6	11861	11866	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012226	AGA	2	6	12719	12724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012226	AATA	2	8	12733	12740	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012226	GAT	2	6	12756	12761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012226	CCCT	2	8	12820	12827	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
74	NC_012226	A	6	6	16106	16111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012226	TA	4	8	16127	16134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012226	T	11	11	16147	16157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012226	A	6	6	16158	16163	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012226	AAT	2	6	16184	16189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012226	AT	3	6	16188	16193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012226	TAT	2	6	16202	16207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012226	AT	3	6	16221	16226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012226	TA	3	6	16229	16234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012226	A	6	6	20833	20838	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012226	TAAAT	2	10	20843	20852	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012226	AT	3	6	20864	20869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012226	ATT	2	6	20876	20881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012226	T	7	7	20940	20946	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012226	ATTT	2	8	20956	20963	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012226	TTA	2	6	20964	20969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012226	TTA	3	9	20990	20998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012226	TAAA	2	8	21018	21025	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012226	TAA	2	6	21046	21051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012226	TAT	2	6	21054	21059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012226	TTTA	2	8	21064	21071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012226	TTAAA	2	10	21831	21840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012226	A	6	6	21838	21843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012226	TAT	2	6	21853	21858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012226	AT	3	6	21857	21862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012226	TAATA	2	10	21866	21875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012226	TA	3	6	21874	21879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012226	AT	4	8	21880	21887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012226	TA	3	6	21898	21903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012226	TTA	2	6	21918	21923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012226	TAA	2	6	21943	21948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012226	TTAAAT	2	12	21952	21963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012226	TAA	2	6	21971	21976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012226	ACT	2	6	22030	22035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012226	AAAC	2	8	22046	22053	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_012226	ACT	2	6	22105	22110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012226	T	6	6	22158	22163	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012226	TAT	2	6	22192	22197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012226	T	6	6	22200	22205	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012226	TAT	2	6	22220	22225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012226	AATAT	2	10	22228	22237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012226	AT	4	8	22243	22250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012226	TA	3	6	22251	22256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012226	TA	4	8	22274	22281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012226	ATA	2	6	22284	22289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012226	TTA	2	6	23320	23325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012226	ATA	2	6	23326	23331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012226	A	8	8	23336	23343	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012226	TA	4	8	23369	23376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012226	AT	3	6	23377	23382	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012226	TA	3	6	23412	23417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012226	AT	4	8	23418	23425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012226	TAA	2	6	23445	23450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012226	TAT	2	6	23451	23456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012226	ATC	2	6	24147	24152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012226	AGTAT	2	10	24169	24178	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012226	T	7	7	24184	24190	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012226	AAGC	2	8	24203	24210	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_012226	TCT	2	6	24304	24309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_012226	TATT	2	8	24338	24345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012226	AT	3	6	24371	24376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012226	TCT	2	6	24379	24384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_012226	T	6	6	24430	24435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012226	TATT	2	8	24467	24474	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012226	TAA	2	6	24500	24505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012226	T	6	6	24511	24516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012226	TCT	2	6	24523	24528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_012226	TTTTTA	2	12	25776	25787	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012226	TA	4	8	25810	25817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012226	T	7	7	26656	26662	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012226	T	6	6	26668	26673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012226	AT	3	6	26695	26700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012226	TA	3	6	26718	26723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012226	T	7	7	26724	26730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012226	A	6	6	26776	26781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012226	ATA	3	9	26783	26791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012226	TA	3	6	26790	26795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012226	TA	3	6	26820	26825	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012226	ATTT	3	12	26831	26842	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012226	TATAT	2	10	26853	26862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012226	ATTT	2	8	28755	28762	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012226	TA	3	6	28775	28780	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012226	ATTGT	2	10	28801	28810	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012226	TAA	2	6	31766	31771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_012226	ATT	2	6	34472	34477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012226	ATA	2	6	34539	34544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_012226	TAT	2	6	34552	34557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_012226	ATT	2	6	34568	34573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_012226	A	6	6	34575	34580	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012226	A	7	7	34587	34593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012226	TGC	2	6	34597	34602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_012226	T	6	6	35772	35777	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_012226	A	7	7	35795	35801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012226	TGC	2	6	35806	35811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_012226	TAT	3	9	35853	35861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_012226	GGTCT	8	40	35897	35936	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.